第一个到龙游石窟探秘的是杭州师范学院的周少雄副教授。他考察后认为，这是一个废弃的采石场。理由是，从凿洞的方式看，是逐层下剥，采用斜凿的方式把岩石和岩体剥离。石窟紧靠衢江，便于运输。从凿痕看，应是铁器所为，因此，时间可推到汉代炼钢技术出现之后。浙江省社科院历史所所长陈剩勇教授和洛阳龙门石窟研究员李文生支持了这一观点。

中国社科院考古所研究员、中国建筑学会会长杨鸿勋认为工具应当是青铜器，那么时间可以大致定在春秋时期。在当时的吴越之战中，越国战败，传说越王勾践为了复仇，藏匿深山打造兵器，训练士兵，而在何山秘密训练，这是个历史之谜。"十年生聚，十年教训"，越国借姑蔑之地练兵也是在情理中的。据此推断，石窟本用于藏兵练兵。于是就有了"藏兵说"。

敦煌石窟研究所原所长施亭萍教授提出了“地下宫寝”说，据韩愈撰写的《徐偃王庙碑》记载为据，有考古专家提出龙游石窟是古代帝王的陵墓或皇宫、储藏室，为古代皇室避免战乱而修建的临时地下宫殿。

探龙游石窟，感叹先人智慧的同时，留下至今难解的“美丽谜团”，也许正是龙游石窟的独特魅力吧。